APLINKOS APSAUGOS SKYRIUJE atliekamas planuojamų infrastruktūros objektų poveikio aplinkai vertinimas.

Per daugiau kaip 10 darbo metų šioje srityje taip pat atlikta eilė mokslinių tyrimo darbų:
•  „Autotransporto teršalų emisijos žalos aplinkai ekonominis vertinimas“;
•  „Atmosferos teršalų iš autotransporto vidutiniai emisijos koeficientai užmiesčio ir miesto keliuose".

Automobilių kelių direkcijos užsakymu institutas parengė vadovą „Poveikio aplinkai automobilių kelių sistemoje vertinimo procedūrų bei principų nustatymas“. Instituto darbuotojai turėjo galimybę kelti kvalifikaciją poveikio aplinkai vertinimo srityje - vyko į stažuotes Vokietijoje, mokymo kursus Vengrijoje. Vyriausiioji specialistė yra tarptautinės poveikio aplinkai vertinimo asociacijos „IAIA“ narė nuo 1997 metų.

Šiuo metu teršalų iš autotransporto emisijos ir koncentracijų atmosferos ore skaičiavimams naudojamos programos: 
•  emisijos ir kuro sąnaudų skaičiavimo modelis kelių tinklui;
•  triukšmo vertinimo modelis, pagrįstas geografine informacine sistema;
•  oro kokybės vertinimo modelis veikiantis Windows ir GIS aplinkoje.

Aplinkos apsaugos skyriuje parengti poveikio aplinkai vertinimo darbai atitinka užsienio finansinių institucijų (EBRD), ISPA programos reikalavimus.

Institutas 2000 metais parengė PAV vadovą „Poveikio aplinkai automobilių kelių sistemoje vertinimo procedūrų bei principų nustatymas“. Šiame vadove yra aptarti PAV uždaviniai, planuojant ir projektuojant kelius, apibrėžti procedūriniai ir teisiniai aspektai, pateiktas PAV procedūrų integravimo į bendrą planavimo ir projektavimo procesą modelis.

PAV uždaviniai, planuojant ir projektuojant kelius, yra:
•  įvertinti poveikius aplinkai dėl infrastruktūros pokyčių. Šie poveikiai gali būti dėl kelių tiesimo ar tiltų statybos, priežiūros, eismo pokyčių kelių tinkle;
•  suteikti užsakovui, o taip pat visuomenei patikimą informaciją apie veiklos poveikį aplinkai, prieš priimant pagrindinius sprendimus;
•  optimizuoti planavimo ir projektavimo procesą, išvengiant aplinkos apsaugos požiūriu nepalankių vietos parinkimo, techninių, kelio tiesimo ir naudojimo sprendimų;
•  numatyti galimo neigiamo poveikio išvengimo, sumažinimo, atstatymo ar kompensavimo priemones.

Kelio tiesimo pagrindimas
Kelio tiesimo pagrindimas - tai procesas, kurio metu turėtų prasidėti PAV. Tai pirminė kelio vystymo stadija, kurioje yra vertinamas poreikis tiesti (rekonstruoti) kelią. Jame turi būti pateikiama ekonominė, techninė, finansinė ir poveikio aplinkai prognozė. Šiame etape nagrinėjami galimi kelio tiesimo variantai.

Kelio projekto rengimas
Aplinkos apsaugos priemonių projektavimas atliekamas ruošiant techninį projektą. Projektuojant pasiūlytas PAV ataskaitoje aplinkos apsaugos priemones, gali reikėti atlikti papildomus aplinkos tyrimus, detalesnius triukšmo ir oro taršos skaičiavimus.

Kelio tiesimas
Vykdant kelio tiesimo darbus, yra įgyvendinami PAV sprendiniai, t. y. atliekama aplinkos apsaugos priemonių statyba, pradedama aplinkos kokybės stebėsena.

Kelio eksploatacija
Eksploatuojant kelią, tęsiama aplinkos kokybės stebėsena, tikrinamas aplinkos apsaugos priemonių efektyvumas ir tinkamumas.